Кларк побеждает Бизарро, после чего находит корабль девушки с Криптона. Оказывается, что она его кузина - Кара. Кара поселяется у Кларка и представляется под именем Кара Кент. Хлоя умирает, спасая свою сестру, но потом вдруг оживает в морге. Кларк уже почти смирился со смертью любимой Ланы, но оказывается что и она жива. Она подстроила свою смерть, а все это время пряталась в Шанхае. Лана возвращается в Смолвиль и приходит к Кларку.

Весь дальнейший сезон строится на противостоянии Кларка и Лекса, но в последних сериях неожиданно объявляется Брейниак (Милтон Файн), который парализует Лану. Лекс убивает своего отца, выбросив его из окна. Кларк уничтожает Брейниака, но Лана, очнувшись от комы покидает Кларка, оставив лишь ему видеозапись о причине своего поступка. Сезон оканчивается тем, что Кларк остаётся со своей болью, а Лекс в то же время находит важный артефакт и узнает секрет Кларка. Отправившись в Арктику, Лекс обнаруживает крепость. Кларк прибегает туда слишком поздно. Артефакт лишает его сил, крепость рушится, Лекс и Кларк остаются под завалами...